Le milieu naturel diffère de l'aquarium par l'absence de renouvellement d'eau (pluie, cours d'eau, etc.) qui assure un assainissement constant de l'écosystème.
En aquarium, les nitrates issus du cycle de l'azote s'accumulent alors qu'ils sont assimilés dans la nature. L'aquariophile est donc obligé d'intervenir afin de les éliminer.

 En revanche, on ne voit pas ce que ces déchets ont déjà produit par leur dégradation. Nitrates, phosphates et autres matières organiques polluent l'aquarium et risquent d'intoxiquer plantes et poissons. Aucun système de filtration ne vient à bout de ces composés, c'est donc à l'aquariophile de les éliminer.

 Pour compléter le niveau avec l'eau neuve, utilisez une pompe de remontée d'eau dont le rejet est placé dans un endroit vous ne risquez pas de remettre des particules en suspension.
Afin de se faciliter la tâche, certains aquariophiles automatisent l'opération en employant un goutte-à-goutte d'eau propre. L'eau souillée est éliminée en permanence par un trop-plein.